La gouvernance de l'unité comporte trois conseils :
- Le Conseil de Direction Scientifique, composé de la directrice d'unité et de ses 2 directeurs adjoints, de l’adjointe à la direction en charge des relations avec VetAgro Sup et des responsables d'équipe. Ce conseil aborde toutes les questions relevant de la stratégie scientifique de l'unité : réponse aux appels à projets, priorisation de projets, propositions de thèse, etc... et des ressources humaines (demandes de recrutements, plan de formation, propositions d’avancement du personnel, etc...). Le conseil est responsable de la cohérence globale des activités de l'unité (par exemple des liens entre la stratégie scientifique et le plan de formation de personnel). Il se réunit toutes les 3 semaines.
- Le Comité Opérationnel, animé par la directrice adjointe et composé des animateurs des activités collectives (assurance qualité, prévention), et référents activité (équipement, locaux, équipement informatique, activités administratives) de l'unité. Ce comité est en charge des questions relatives au fonctionnement de l'unité et est essentiel pour coordonner ces diverses activités. Il se réunit toutes les 4 semaines. Le comité peut proposer une décision à faire approuver par les responsables d’équipe, ou demander qu'une question soit discutée et délibérée en Conseil de direction Scientifique.
- Le Conseil de Service composé des représentants élus de chaque catégorie de personnel de l'unité (chercheurs, enseignants chercheurs, ingénieurs, techniciens, personnel administratif, personnel non-permanent), avec un représentant pour 10 membres du personnel. Les membres sont élus pour un mandat de 4 ans. Ce conseil est consulté sur toutes les questions concernant la vie de l'unité : activités collectives (assurance qualité, prévention …), communication, gestion des ressources humaines (plans de formation annuels par exemple), organisation des équipes et de la gouvernance, etc. C’est aussi le lieu où sont évoqués les grands projets scientifiques (comme la contribution de l’unité à l'initiative CAP2025 du site de Clermont Auvergne).
