En 2010, un groupe de 3 personnes (groupe Innovation) a été créé pour stimuler les innovations dans l'unité. Ce groupe organise des séminaires avec des activités de brainstorming ouvertes à tous. Cette activité a déjà abouti à deux grands projets:
- L'expérimentation système Bota[1]-Pépi[2]visant à concevoir et tester deux systèmes d’élevage de vaches laitières utilisant peu d'intrants et préservant l'environnement
- Un programme transversal sur le développement d’outils pour l’acquisition automatisée de données physiologiques et comportementales.
Depuis 2014, le groupe Innovation organise Herbidées, un appel à projet intra-unité visant à faire émerger des idées innovantes via des projets de recherche ou pour améliorer le fonctionnement de l'unité. Les idées retenues sont dotées d’un petit financement pour initier les recherches ou mettre en place une nouvelle organisation. En 2014 l'idée retenue était d'utiliser l'abondance isotopique naturelle de l’azote pour déterminer la composition de la ration des ruminants et évaluer l’efficience d’utilisation de l’azote.
En 2015, 3 idées ont été retenues : l'estimation de l’aptitude des ruminants à digérer des aliments à partir d’analyses enzymatiques simples des aliments et des fèces, une étude prospective sur l'utilisation des insectes dans l’alimentation des ruminants et une table d'orientation virtuelle pour quantifier l‘ouverture d’un paysage et simuler l'impact de changements de pratiques.
